安全与质量

xSAFETY 安全性评估

发起菌株安全性评估,读取异步任务结果、风险标记和 HTML 报告。

体验版用户指南 V1.3 · 体验版 0.9.9

7 xSAFETY 菌株安全性评估

xSAFETY 对细菌基因组进行毒力因子(VFDB)、耐药基因(CARD/KEGG)、质粒/原噬菌体、ISfinder 与基因组岛等综合标记,生成可复核报告。录屏示例对象为 XA-2764。

7.1 准备与发起

  1. 启用 xsafety:在技能页搜索并打开 xsafety,检查版本与检测报告。

  2. 自然语言发起:示例:帮我看一下 XA-2764 菌株的安全性。

  3. 确认数据入口:系统先从菌株库获取 WGS pipeline 路径,确认组装结果文件存在,再提交远程评估作业。

  4. 等待异步作业:可在底部 xbiome Jobs 或通知中查看状态,无需重复发送。

运行时间 录屏中系统提示预计约 1 小时,但实际示例约 13 分钟完成。耗时取决于数据规模、服务器队列与模块配置。

7.2 读取结果

完成后系统读取明细表并给出“关键解读”和“停在人工确认点”。示例报告概览为:VFDB 0、CARD 1、KEGG 耐药相关通路 17、原噬菌体区域 2、基因组岛 1。

图 14 xSAFETY HTML 报告:风险标记概览与明细表。

7.3 人工确认点

  • 确认耐药基因(如 tet(W/N/W))是否影响目标用途。

  • 判断完整原噬菌体与基因组岛的可接受性,并核对是否携带风险基因。

  • 必要时补充药敏实验,进行表型—基因型对照。

  • VFDB 零命中不等于无毒力风险;阈值、数据库版本和同源性仍需复核。

结论边界 xSAFETY 不自动给出“安全 / 不安全”二元结论。最终判定应由专业人员结合用途、法规要求、原始结果和实验数据完成。